自从彻底消灭了死对头施莱德之后，四个一身墨绿的乌龟小子在日渐平静的大城市纽约里的生活也随着逍遥起来。平日里除了在下水道里度过轻闲时光之外，便是享受他们钟爱的食物--比萨饼了。当然，他们也还会经常在一起抄起家伙比划一番，以免生疏了自己的搏斗技能。而且，日渐成熟的他们也开始像长大的人类那样多了份耍酷的心思。斯普林特老师(马考)为了增强这支地下护卫队的战斗力，把四龟中本事最扎实的达芬奇送往南非进修忍术。

　　没了坏人作恶，神龟们似乎也派不上太大用场，达芬奇走后三个兄弟过着百无聊赖的生活：米开朗基罗靠装扮成乌龟造型的小丑在生日派对上搞搞气氛挣生活费；发明家爱因斯坦则躲在地下世界做技术员；神龟不再发挥神力的时候，纽约市又出现了一个“蝙蝠侠”式的夜行侠维护治安，其实他就是四龟中正义感最强的拉斐尔。

　　人生如故事一般，哪会总有平静的日子陪伴。这部继可恶的施莱德之后，又一个大坏蛋应运而生。他就是大反派马科斯·温特斯(帕特里克·斯图尔特)。此人的出现，却让老鼠大师斯普林特(岩松信)忧心忡忡。因为马科斯·温特斯是一个比他的“前任”施莱德更野心勃勃且心狠手辣的家伙，他的目标是统治整个世界。聪明的马科斯借助天文以及些许带些奇幻传说色彩的三千年一遇的“九星连珠”，将传说中的一支强大的远古怪兽军团复活，并带到了当今的人类社会。有着“鬼脚忍者”之称的一伙恶人在头领卡拉(章子怡)的带领下也前来与马科斯结盟。两伙恶势力共同在纽约城里四处作乱破坏。

　　见此情景，玩耍中的绿色英雄们自然不会随手旁观。面对强大的敌人，“忍者神龟(TMNT)”重新组队，然而，斯普林特派达芬奇进修的用意本来是希望用一个强大的领导者凝聚神龟的力量，结果忙于各自杂务的神龟越来越生疏，骄傲的拉斐尔对达芬奇能担此重任又很不服气，最终在拉斐尔执意独自执行任务时发生一场争吵，出生入死的好兄弟竟一朝反目。

　　在极具正义感的漂亮女记者艾普丽尔(莎拉·米歇尔·盖拉)以及好友凯西·琼斯(克里斯·伊万斯)的帮助下，在老师斯普林特的指点下，忍者神龟们再次挥起手中的利刃，为正义而战殊死一搏……电影专题